Bệnh viện Y học cổ truyền Lào Cai được thành lập theo Quyết định số: 134/2002/QĐ.UB ngày 09/ 04/2002 của UBND tỉnh Lào Cai. Chức năng, nhiệm vụ thực hiện theo Quyết định số 1667/QĐ-UBND ngày 09/7/2012 của UBND tỉnh, năm 2023,Bệnh viện được giao 140 giường bệnh, tuyến tỉnh, hạng II.
Bệnh viện với chức năng nhiệm vụ sau: Khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng, nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y dược học cổ truyền, đào tạo chỉ đạo tuyến, phòng, chống dịch bệnh, công tác tuyên truyền giáo dục sức khoẻ, công tác dược và vật tư y tế, quản lý bệnh viện, hợp tác quốc tế.
Khi thành lập, bệnh viện được giao 40 giường bệnh, số cán bộ là 41; Năm 2004, bệnh viện được tăng lên 50 giường bệnh; năm 2006 được tăng 60 giường; năm 2007 lên 70 giường bệnh; Từ năm 2008 cho đến năm 2012 là 85 giường bệnh; năm 2013: 90 giường bệnh; năm 2014 đến 2016: 100 giường bệnh; năm 2019:110 giường bệnh, năm 2023: 140 giường bệnh.
Khi thành lập, bệnh viện tiếp nhận nguyên trạng của Trung tâm Y tế Cam Đường (cũ). Năm 2010 được sự quan tâm của UBND tỉnh và Sở Y tế Lào Cai, bệnh viện đã được sửa chữa, nâng cấp các khoa phòng cơ bản đáp ứng yêu cầu phục vụ của nhân dân các dân tộc trong địa bàn tỉnh Lào Cai và các tỉnh lân cận. Năm 2009, năm 2010, 2012 bệnh viện được UBND tỉnh quan tâm đầu tư mua sắm một số trang thiết bị như mua máy siêu âm màu 4D, hệ thống sản xuất thuốc viên hoàn; máy điều trị sóng ngắn; máy xét nghiệm huyết học tự động, máy nội soi Tai mũi họng; Điện từ trường;... phục vụ người bệnh; quý I.2013 bệnh viện được tiếp nhận nguyên trạng bệnh viện đa khoa số II tỉnh Lào Cai tại phường Bắc Lệnh - TP Lào Cai, Từ Quý IV năm 2019, Bệnh viện chuyển đến hoạt động tại Tổ 20 phường Bắc Cường, Thành phố Lào Cai.
Với hệ thống cơ sở mới khang trang sạch đẹp, với 2 khối nhà được đưa vào hoạt động, khối nhà điều trị gồm 5 tầng, khối nhà Dược, KSNK 2 tầng, đã góp phần nâng cao chất lượng điều trị cho người bệnh tại Bệnh viện.